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Planet de Fedora-Fr : la communauté francophone autour de la distribution Linux Fedora

A propos

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Mot-clefs : RPM

RPM repository for R packages

Pierre-Yves Chibon

A RPM repository for R packages is being built

Un dépôts de RPM pour les bibliothèques R est en cours de création

English version

At the moment I wrote this lines there is a group of people who have joined their effort to create a RPM repository for R packages in a similar way than Dirk's work for APT.

On the technical point, the RPMs will be built using R2rpm which have some consequences regarding the RPM generation (there is no -devel sub-packages and rpmlint is not silent for example).

We are busy at the moment trying to get and set up the architecture since we would like to support 4 versions:

- CentOS/RHEL 5 i386 and x86_64
- The latest version of Fedora i686 and x86_64

For that we will need some "builders" most likely some VM.

In order to discuss the creation of this project we have set up a mailing list available at: http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/r-repo-dev

Feel free to join the list to get some more information about its development and to help us making the project reality.



French version

Il y a à l'heure actuelle un petit groupe de personnes qui s'est constitué avec pour objectif de construire un dépôt RPM pour les bibliothèques R. Ce projet est très proche du projet de Dirk pour APT.

D'un point de vue technique, les RPMs seront construits avec R2rpm ce qui a quelque conséquences sur les RPMs généré (pas de sous paquet -devel et rpmlint n'est pas silencieux par exemple).

À l'heure actuelle nous sommes en train d'essayer de réunir l'infrastructure. Nous souhaitons supportés 4 versions:

- CentOS/RHEL 5 i386 and x86_64
- La dernière version de Fedora i686 and x86_64

Il nous faut donc pour ça quelques "builder" vraisemblablement des machines virtuelles.

Pour discuter de ce projet nous venons de mettre en place une liste de diffusion, disponible à : http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/r-repo-dev

N'hésitez pas à nous rejoindre pour suivre le projet ou pour nous aider à en faire une réalité.

mysql-worbench-5.2.19

Remi Collet

MySQL Worbench, l'outil de modélisation graphique, de développement, de requêtage et d'administration des bases de données MySQL passe en version 5.2.19 (beta 9) pour Linux. Les RPM pour Fedora 11 et 12 sont disponibles dans le dépôt remi-test.

Voir la Releases Page pour la liste des modifications ou Changes in MySQL Workbench 5.2.19. Le site de téléchargement propose uniquement des RPM pour Fedora 12 i386 et x86_64. Mon dépôt contient aussi ceux pour Fedora 11 (les plus anciennes versions et les autres architectures seront disponibles lors du passage en RC ou stable). Comme toujours :... Lire mysql-worbench-5.2.19

mysql-worbench-5.2.18

Remi Collet

MySQL Worbench, l'outil de modélisation graphique, de développement, de requêtage et d'administration des bases de données MySQL passe en version 5.2.18 (beta 8) pour Linux. Les RPM pour Fedora 11 et 12 sont disponibles dans le dépôt remi-test.

Voir la Releases Page pour la liste des modifications. Le site de téléchargement propose uniquement des RPM pour Fedora 12 i386 et x86_64. Mon dépôt contient aussi ceux pour Fedora 11 (les plus anciennes versions et les autres architectures seront disponibles lors du passage en RC ou stable). Comme toujours : yum --enablerepo=remi-test install... Lire mysql-worbench-5.2.18

Firefox Lorentz 3.6.3plugin1

Remi Collet

Un premier RPM de la version expérimentale de Firefox Lorentz est disponible dans le dépôt remi-test pour Fedora 12.

Avec cette version, les extensions tournent dans un processus distinct afin d'isoler les problèmes. Un plantage n'affecte plus le fonctionnement de Firefox. Voir : Firefox Lorentz Release Notes (Notes de version en anglais) Comme toujours: yum --enablerepo=remi-test update firefox Pour réaliser ce projet, il semblerait l'équipe de développement... Lire Firefox Lorentz 3.6.3plugin1

mysql-worbench-5.2.17

Remi Collet

MySQL Worbench, l'outil de modélisation graphique, de développement, de requêtage et d'administration des bases de données MySQL passe en version 5.2.17 (beta 7) pour Linux. Les RPM pour Fedora 11 et 12 sont disponibles dans le dépôt remi-test.

Voir la Releases Page pour la liste des modifications. Le site de téléchargement propose uniquement des RPM pour Fedora 12 i386 et x86_64. Mon dépôt contient aussi ceux pour Fedora 11 (les plus anciennes versions et les autres architectures seront disponibles lors du passage en RC ou stable). Comme toujours : yum --enablerepo=remi-test install... Lire mysql-worbench-5.2.17

firefox-3.6.3

Remi Collet

Les RPM de la nouvelle version du navigateur de la Fondation Mozilla sont disponibles dans le dépôt remi pour Fedora. Cette version est fournie en 73 langues.

Commencez par lire : Notes de version de Firefox 3.6 Comme toujours : yum --enablerepo=remi update firefox Pas de mise à jour de xulrunner, ce RPM embarque son propre moteur Gecko. Beaucoup d'extensions sont désormais compatibles et fonctionnent correctement. Concernant l'extension Java, la version fournie avec OpenJDK ne fonctionne pas... Lire firefox-3.6.3

quvi : un utilitaire de récupération d'informations sur les liens de téléchargements de vidéos

Fabien Nicoleau

Non, je ne fais pas une fixation sur les sites proposant des vidéos style youtube, dailymotion, etc ... J'ai déja packagé clive, cclive (son petit frère en C), et leur front-end abby, et je reviens ici avec quvi. La raison est simple : quvi est maintenant une dépendance pour cclive. En effet après des demandes auprès du dévelppeur de cclive pour avoir une "libcclive", ce dernier à décidé d'externaliser le code de récupération d'infos sur les vidéos dans une bilbliothèque séparée et d'en faire un nouveau projet : quvi

Afin d'éviter un blocage des mises à jour de cclive, j'ai donc entrepris de packager cet outil, mais surtout la lib qu'il fournis : libquvi. J'ai ensuite fait une demande de revue. Le spec génère donc 3 paquets :

  • quvi : un utilitaire exemple permettant de récupérer des infos sur les vidéos utilisant libquvi
  • libquvi : la bibiothèque se chargeant du travail
  • libquvi-devel : fourni les fichiers de développements pour libquvi

La création de ce paquet que je rajoute à ma liste est pour moi l'occasion de fournir une bibliothèque, chose que je n'avais jamais fait, et accessoirement, de poster ici pour raviver un peu ce blog un peu mort ces temps-ci. Les plus curieux (et coquins!) qui auront lu le spec pourront rechercher l'utilité de l'option --enable-smut passée au configure.

J'espère trouver rapidement un reviewer pour ce paquet afin de pouvoir aussi mettre à jour cclive.


Fabien (eponyme)

thunderbird-3.0.4-1

Remi Collet

Le RPM de la nouvelle version du client de messagerie de la Fondation Mozilla est disponible dans le dépôt remi pour Fedora ≤ 10.

Commencez par lire : Thunderbird Release Notes (Notes de version en anglais) Comme toujours : yum --enablerepo=remi update thunderbirdLes extensions enigmail et lightning sont aussi disponibles. Les RPM sont disponibles pour Fedora 8 à 10 (ceux pour Fedora 11 et 12 sont déjà dans les mises à jours)... Lire thunderbird-3.0.4-1

R2rpm on cran

Pierre-Yves Chibon

Building cran RPM via R2rpm

Construire des RPMs du cran avec R2rpm

English format

Using the PACKAGES file from the CRAN I was able to generate a list of 670 packages that do not depend on anything else than R.

This morning I ran R2rpm on the first 100, it took around 3h and there are the results:

89 packages built
['ADGofTest', 'AMORE', 'AlgDesign', 'Animal', 'BGSIMD', 'BMN', 'BPHO', 'BayesValidate', 'Bhat', 'BiasedUrn', 'Biodem', 'Bolstad', 'Bolstad2', 'BootCL', 'CAVIAR', 'CCP', 'CDFt', 'CHsharp', 'CORElearn', 'CTT', 'ClinicalRobustPriors', 
'ComPairWise', 'CompetingRiskFrailty', 'ConvCalendar', 'CreditMetrics', 'CvM2SL1Test', 'CvM2SL2Test', 'DEA', 'DEMEtics', 'DEoptim', 'DTDA', 'DTK', 'Davies', 'Defaults', 'DiversitySampler', 'EMJumpDiffusion', 'EbayesThresh', 
'ElectroGraph', 'ExPD2D', 'FBN', 'FITSio', 'FKBL', 'FNN', 'Flury', 'GPArotation', 'GWRM', 'GeneF', 'GillespieSSA', 'HAPim', 'HI', 'HMM', 'HMR', 'ISOcodes', 'Imap', 'Iso', 'JADE', 'JudgeIt', 'Kendall', 'LDtests', 'LIStest', 'LearnBayes', 
'LearnEDA', 'LogitNet', 'LowRankQP', 'MAMSE', 'MCE', 'MKLE', 'MLDA', 'MLEcens', 'MMG', 'MMIX', 'MPV', 'MSVAR', 'MTSKNN', 'ModelGood', 'Multiclasstesting', 'NMFN', 'NORMT3', 'OPE', 'ORIClust', 'ORMDR', 'Oarray', 'OrdMonReg', 
'PBSddesolve', 'PLIS', 'POT', 'PSAgraphics', 'Peaks', 'PearsonICA']

11 packages failed
['BioStatR', 'BoSSA', 'BradleyTerry', 'BradleyTerry2', 'CPE', 'Cairo', 'FracSim', 'GDD', 'KFAS', 'MImix', 'OAIHarvester']

Damn this is good ! :-)

R2spec / R2rpm

Pierre-Yves Chibon

rpm.pngsource.png

New version of R2spec in the pipes

Une nouvelle version de R2spec dans les tuyaux

English version

There is a new version of R2spec in the pipes, this version fixes some bugs and introduces some new features. The main of these features is the presence of R2rpm now.

R2rpm generate the complete rpm directly from a url, the sources or simply the name of the package. It builds the package twice, once to determine the %file section and once to generate the RPM.

I fixed the length of the %description so that it is not bigger than the mandatory 75 characters, the summary is also corrected if it ends with a dot.

Tonight I have been playing with this new version, I was able to generate in the fly a bit more than 70 RPMs for R libraries in just few minutes (ok maybe it tooks a couple of hours :-)).

All the RPMs work, there are not rpmlint compliant so there would need more work if we want to integrate them into the repository but it is a good basis.

Something that I still want to do before to release officially the version 3.0.0 is the possibility to build the dependencies of a given package. Basically, this would allow to build RPM for one package and all the packages of which it depends.

For those who would like to test you can find the source, srpm and rpm in https://fedorahosted.org/releases/r/2/r2spec/ (latest release so far 3.0.0-0.4).

Do not hesitate to test it and report any issue you find in it :-)

Hope you like it !

firefox-3.6.2

Remi Collet

Les RPM de la nouvelle version majeure du navigateur de la Fondation Mozilla sont disponibles dans le dépôt remi pour Fedora. Cette version est fournie en 73 langues.

Commencez par lire : Notes de version de Firefox 3.6 Comme toujours : yum --enablerepo=remi update firefox Pas de mise à jour de xulrunner, ce RPM embarque son propre moteur Gecko. Beaucoup d'extensions sont désormais compatibles et fonctionnent correctement. Concernant l'extension Java, la version fournie avec OpenJDK ne fonctionne pas... Lire firefox-3.6.2

php-ffmpeg-0.6.3

Remi Collet

Le RPM de l'extension ffmpeg-php est disponible dans le dépôt remi pour Fedora ≥ 11.

Cette extension fonctionne avec ffmpeg version 0.5 présent dans le dépôt RPM Fusion (free) et PHP 5.3.2. Le RPM est construit avec le cliché du SVN (version 0.6.3, révision 676). Pour l'installer : yum --enablerepo=remi install php-ffmpegPour l'instant, la version 0.4.9 présente dans les anciennes versions de fedora (et dans EL) n'est pas... Lire php-ffmpeg-0.6.3

mysql-5.1.45-1

Remi Collet

Les RPM de MySQL Community Server 5.1.45 sont disponibles dans le dépôt remi pour EL 4 & 5 et pour Fedora. Voir le Changelog.

Cette construction utilise un fichier .spec proche de celui de Rawhide. Le moteur Federated est activé par défaut dans le script de lancement. Le nouveau plugin InnoDB (version 1.0.6 considérée comme RC) est disponible, le fichier de configuration (/etc/my.cnf) contient les options pour l'activer. Remarque : désormais, le fichier de... Lire mysql-5.1.45-1

qelectrotech-0.22-1

Remi Collet

QElectroTech version 0.22 est disponible. Les RPM sont dans le dépôt remi (Fedora ≥ 8) et seront dans les mises à jours fedora (Fedora ≥ 11) après un petit passage en testing. C'est une application pour réaliser des schémas électriques.

Site officiel : http://qelectrotech.org/. Changements : Changelog 0.21 -> 0.22 Changelog 0.2 -> 0.21 Bien sur l'installation se fait avec YUM : yum --enablerepo updates-testing install qelectrotech Ou : yum --enablerepo remi install qelectrotech L'icône du lanceur est dans le menu Applications / Électronique. Pour ceux qui... Lire qelectrotech-0.22-1

phpMyAdmin version 3.3

Remi Collet

Les RPM pour installer la nouvelle version 3.3.0 de phpMyAdmin sont disponibles dans le dépôt remi pour Fedora et RHEL/CentOS.

Site officiel : http://www.phpmyadmin.net/ Depuis que phpMyAdmin est disponible dans les dépôts officiels, et mis à jour de manière très réactive par son mainteneur, je fournissait uniquement le paquet pour les anciennes versions de fedora (<= 10) et pour EL (la version de PHP standard ne permettant pas d'utiliser la version 3). La version 3.3.0... Lire phpMyAdmin version 3.3

php-5.2.13-1.el5

Remi Collet

Bien que je n'utilise plus depuis longtemps la version 5.2 et que je préfère favoriser le passage en 5.3, j'avais besoin de cette vieillerie pour un projet professionnel.

Il s'agit du rétro-portage de la version de Fedora 11. Les RPM ne sont pas disponible dans un dépôt, donc pas installable par YUM (donc téléchargement et installation manuelle) Seule la version pour Enterprise Linux 5 (RHEL / CentOS) est disponible dans : Les archives i386 Les archives x86_64 Le source Construit avec MySQL 5.1.44 et les... Lire php-5.2.13-1.el5

qelectrotech-0.21-1

Remi Collet

QElectroTech version 0.21 est disponible. Les RPM sont dans le dépôt remi (Fedora ≥ 8) et seront dans les mises à jours fedora (Fedora ≥ 11) après un petit passage en testing. C'est une application pour réaliser des schémas électriques.

Site officiel : http://qelectrotech.org/. Changements : Changelog 0.2 -> 0.21 Bien sur l'installation se fait avec YUM : yum --enablerepo updates-testing install qelectrotech Ou : yum --enablerepo remi install qelectrotech L'icône du lanceur est dans le menu Applications / Électronique. Pour ceux qui préfèrent encore le téléchargement : le... Lire qelectrotech-0.21-1

PHP 5.3.2 disponible

Remi Collet

Les RPM de la version finale de PHP 5.3.2 sont disponibles pour Fedora et pour Enterprise Linux (RHEL/CentOS) dans le dépôt remi. Cette version sera aussi très prochainement dans les mises à jour pour Fedora >= 12.

Lire l'annonce de cette version : PHP 5.3.2 Release Announcement

Utilisez YUM pour les installer : yum --enablerepo=remi update php-\* A noter : désormais toutes les extensions sont fournies pour php-cli et php (module pour apache en mode prefork) et php-zts (module pour apache en mode worker). Voir le billet PHP 5.3, MPM worker, zts et mysqlnd (je sais il manque les extensions pecl). Pour toute question ou... Lire PHP 5.3.2 disponible